home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Graphics Plus / Graphics Plus.iso / info / faqs / res_list / part5 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-15  |  47.8 KB  |  1,278 lines

  1. Newsgroups: comp.graphics,comp.answers,news.answers
  2. Path: bloom-beacon.mit.edu!hookup!news.moneng.mei.com!howland.reston.ans.net!EU.net!Germany.EU.net!Munich.Germany.EU.net!ecrc!news.forth.gr!news.ntua.gr!nfotis
  3. From: nfotis@theseas.ntua.gr (Nick C. Fotis)
  4. Subject: (3 Oct 94) Computer Graphics Resource Listing : BIWEEKLY [part 5/6]
  5. Message-ID: <Cx3xII.82t@theseas.ntua.gr>
  6. Followup-To: poster
  7. Lines: 1262
  8. Sender: nfotis@theseas.ntua.gr (Nick C. Fotis)
  9. Reply-To: nfotis@theseas.ntua.gr (Nick (Nikolaos) Fotis)
  10. Organization: National Technical University of Athens, Greece
  11. Date: Mon, 3 Oct 1994 17:20:32 GMT
  12. Approved: news-answers-request@MIT.Edu
  13. Xref: bloom-beacon.mit.edu comp.graphics:31638 comp.answers:7601 news.answers:26805
  14.  
  15. Archive-name: graphics/resources-list/part5
  16. Last-modified: 1994/10/03
  17.  
  18.  
  19. Computer Graphics Resource Listing : BIWEEKLY POSTING [ PART 5/6 ]
  20. =====================================================
  21. Last Change : 3 Octomber 1994
  22.  
  23.  
  24. Subject:
  25. 16. Scientific visualization stuff
  26. ==================================
  27.  
  28. X Data Slice (xds)
  29. -------------------
  30.   Bundled with the X11 distribution from MIT,
  31.   in the contrib directory. Available at ftp.ncsa.uiuc.edu [141.142.20.50]
  32.   (either as a source or binaries for various platforms).
  33.  
  34. National Center for Supercomputing Applications (NCSA) Tool Suite
  35. -----------------------------------------------------------------
  36.  
  37. Platforms: Unix Workstations (DEC, IBM, SGI, Sun)
  38.            Apple MacIntosh
  39.            Cray supercomputers
  40.  
  41. Availability: Now available.  Source code in the public domain.
  42.               FTP from ftp.ncsa.uiuc.edu.
  43.  
  44. Contact: National Center for Supercomputing Applications
  45.          Computing Applications Building
  46.          605 E. Springfield Ave.
  47.          Champaign, IL 61820
  48.  
  49. Cost: Free (zero dollars).
  50.  
  51. The suite includes tools for 2D image and 3D scene analysis and visualization.
  52. The code is actively maintained and updated.
  53.  
  54. Spyglass
  55. --------
  56.   They sell commercial versions of the NCSA tools. Examples are:
  57.  
  58.     Spyglass Dicer (3D volumetric data analysis package)
  59.         Platform: Mac
  60.  
  61.     Spyglass Transform (2D data analysis package)
  62.         Platforms: Mac, SGI, Sun, DEC, HP, IBM
  63.  
  64.   Contact:
  65.   Spyglass, Inc.
  66.   P.O. Box 6388
  67.   Champaign, IL  61826
  68.   (217) 355-6000
  69.  
  70. KHOROS 1.0 Patch 5
  71. ------------------
  72.   Available via anonymous ftp at pprg.eece.unm.edu (129.24.24.10).
  73.   cd to /pub/khoros to see what is available. It is HUGE (> 100 MB), but good.
  74.   Needs Unix and X11R4. Freely copied (NOT PD), complete with sources
  75.   and docs. Very extensive and at its heart is visual programming.
  76.   Khoros components include a visual programming language, code
  77.   generators for extending the visual language and adding new application
  78.   packages to the system, an interactive user interface editor, an
  79.   interactive image display package, an extensive library of image and
  80.   signal processing routines, and 2D/3D plotting packages.
  81.  
  82.   See comp.soft-sys.khoros on Usenet and the relative FAQ for more info....
  83.  
  84.   Contact:
  85.  
  86.   The Khoros Group
  87.   Room 110 EECE Dept.
  88.   University of New Mexico
  89.   Albuquerque, NM 87131
  90.  
  91.   Email: khoros-request@chama.eece.unm.edu
  92.  
  93.  
  94. MacPhase
  95. --------
  96.   Analysis & Visualization Application for the Macintosh.
  97.   Operates on 1D and 2D data arrays. Import/Export several different file
  98.   formats.  Several different plotting options such as gray scale,
  99.   color raster, 3D Wire frame, 3D surface, contour, vector, line, and
  100.   combinations.  FFTs, filtering, and other math functions, color look up
  101.   editor, array calculator, etc. Shareware, available via anonymous ftp from
  102.   sumex-aim.stanford.edu in the info-mac/app directory.
  103.   For other information contact Doug Norton (e-mail: 74017.461@@compuserve.com)
  104.  
  105.  
  106. IRIS Explorer
  107. -------------
  108. From: Jeremy Walton <jeremyw@nag.co.uk>
  109.  
  110.   IRIS Explorer is an application creation system developed by Silicon
  111.   Graphics that provides visualisation and analysis functionality for
  112.   computational scientists, engineers and other scientists.  The IRIS 
  113.   Explorer GUI allows users to build custom applications without having 
  114.   to write any, or a minimal amount of, traditional code.  Also, existing 
  115.   code can be easily integrated into the IRIS Explorer environment. 
  116.  
  117.   Platforms: SGI, Cray, SPARC, DEC, IBM, HP.
  118.     The SPARC ports have been done by DuPont Pixel and by Numerical 
  119.     Algorithms Group (NAG) Ltd;  NAG are also porting IRIS Explorer to
  120.     IBM RS/6000, HP 9000 series 700 and DEC Alpha.
  121.  
  122.   Availability: Available now on SGI, Cray and SPARC.  Other versions
  123.     to be announced soon.
  124.  
  125.   Contact: IRIS Explorer Center for details of availability and 
  126.     distribution information, and for user support and other technical
  127.     enquiries:
  128.  
  129.         IRIS Explorer Center (Europe)          
  130.         PO Box 50                              
  131.         OXFORD                                 
  132.         OX2 8JU 
  133.         UK                             
  134.         Tel    : +44 (0)865 516377             
  135.         Fax    : +44 (0)865 516388             
  136.         e-mail : helpdesk@iec.co.uk            
  137.  
  138.         IRIS Explorer Center (North America)
  139.         1400 Opus Place, Suite 200
  140.         Downers Grove, IL 60515-5702
  141.         USA
  142.         Tel    : +1 708 971 2367
  143.         Fax    : +1 708 971 2706  
  144.         e-mail : infodesk@nag.com
  145.  
  146.   More information: The IRIS Explorer Center runs a Gopher server, 
  147.     containing technical information and advice, technical 
  148.     papers and User Group details:
  149.  
  150.         Name = IRIS Explorer Center Bulletin Board
  151.         Type = 1
  152.         Path = 1/visual/IE/iecbb
  153.         Host = nags2.nag.co.uk [192.156.217.7]
  154.         Port = 70
  155.     
  156.     This service is also available via World Wide Web:
  157.  
  158.         http://nags2.nag.co.uk/Welcome_IEC.html
  159.  
  160.     The explorer ftp site is ftp.epcc.ed.ac.uk which is housed at 
  161.     Edinburgh Parallel Computing Centre.  The administrator is Gordon Cameron.
  162.     This archive is mirrored in the USA by swedishchef.lerc.nasa.gov, 
  163.     administered by Jeff Hanson.
  164.  
  165.   Newsgroups: comp.graphics.explorer, comp.sys.sgi.graphics
  166.  
  167.  
  168. apE
  169. ---
  170.   Back in the 'old good days', you could get apE for nearly free.
  171.   Now has gone commercial and the following vendor supplies it:
  172.  
  173.   TaraVisual Corporation
  174.   929 Harrison Avenue
  175.   Columbus, Ohio 43215
  176.   Tel: 1-800-458-8731 and (614) 291-2912
  177.   Fax: (614) 291-2867
  178.  
  179.         Cost:
  180.   $895 (plus tax); runtime version with a site-license for a single user
  181.   (at a time), no limit on the number of machines in a cluster.
  182.   $895 includes support/maintenance and upgrades.
  183.   Source code more.  Additional user licenses $360.
  184.  
  185.   The name of the package has become apE III (TM).
  186.   Khoros is very similar to apE on philosophy, as are AVS and Explorer.
  187.  
  188.  
  189. AVS
  190. ---
  191. See also:
  192.         comp.graphics.avs
  193.  
  194. Platforms: CONVEX, CRAY, DEC, Evans & Sutherland, HP, IBM, Kubota,
  195. Set Technologies, SGI, Stardent, SUN, Wavetracer
  196. Availability: AVS4 available on all the above:
  197.   For all UNIX workstations.
  198.  
  199. Contact:
  200.   Advanced Visual Systems Inc.
  201.   300 Fifth Ave.
  202.   Waltham, MA    02154
  203.  
  204.   (617)-890-4300   Telephone
  205.   (617)-890-8287   Fax
  206.   avs@avs.com      Email
  207.  
  208.   Advanced Visual Systems Inc. for: CRAY, HP, IBM, SGI, Stardent, SUN
  209.   CONVEX for CONVEX
  210.   Advanced Visual Systems Inc. or CRAY for CRAY
  211.   DEC for DEC
  212.   Evans & Sutherland for Evans & Sutherland
  213.   Advanced Visual Systems Inc. or IBM for IBM
  214.   Kubota Pacific Inc. for Kubota
  215.   Set Technologies for Set Technologies
  216.   Wavetracer for Wavetracer
  217.  
  218.   FTP Site: for modules, data sets, other info:
  219.     avs.ncsc.org (128.109.178.23)
  220.  
  221.  
  222. WiT (changed spelling!)
  223. ---
  224.   In a nutshell it's a package of the same genre as AVS,Explorer,etc.
  225.   It seems more a image processing system than a generic SciVi system (IMHO)
  226.   Major elements are:
  227.  
  228.   - a visual programming language, which automatically exploits the inherent
  229.         parallelism
  230.   - a code generator which converts the graph to a standalone program
  231.  
  232.   Iconified libraries present a rich set of point, filter, io, transform,
  233.   morphological, segmentation, and measurement operations.
  234.   A flow library allows graphs to employ broadcast, merge,
  235.   synchronization, conditional, and sequencing control strategies.
  236.  
  237.   WiT delivers an object-oriented, distributed, visual programming
  238.   environment which allows users to rapidly design solutions to their
  239.   imaging problems. Users can consolidate both software and hardware
  240.   developments within a complete CAD-like workspace by adding their
  241.   own operators (C functions), objects (data structures), and servers
  242.   (specialized hardware).
  243.   WiT 5.0 will be available towards the beginning of the last quarter '94
  244.   and will include support for multi-dimensional image processing,
  245.   3D volume slicing and viewing, and 3D ROI entry.
  246.  
  247.   WiT runs on Sun SPARCs (SunOS 4.X, Solaris 2.3),
  248.   Linux, and Windows 3.1/NT. It also supports Datacube MV-200 and Digicolor
  249.   hardware, allowing you to run your graphs in real-time (available from
  250.   Datacube under the product name WiTFlow)
  251.  
  252.   For a free WiT demo disk, call, FAX, or e-mail (poon@ee.ubc.ca)
  253.   us stating your complete name, address, voice, FAX, e-mail info.
  254.   and desired platform.
  255.   There's an FTP'able demo for SPARCs under
  256.   sunsite.unc.edu /pub/sun-info/catalyst/logical-vision
  257.  
  258.   Pricing:
  259.   WiT for Sparc, one yr. free upgrades, 30 days
  260.   technical support....................$5000 US
  261.   Entry level pricing now at $1000 US, with upgrade to the full system
  262.   for $4000 US more.
  263.   WiT for Windows 3.1/NT: starts at US $1800.00. They recommend the Watcom C
  264.   10.0 32-bit compiler to support code development.
  265.  
  266.   Academic institutions: discounts available
  267.  
  268.   Contact:
  269.   Logical Vision Ltd.
  270.   Suite 108-3700 Gilmore Way
  271.   Burnaby, B.C., CANADA
  272.   V5G 4M1
  273.   Tel: 604-435-2587
  274.   Fax: 604-435-8840
  275.   e-mail: Terry Arden <poon@ee.ubc.ca>
  276.  
  277. #VIS-AD
  278. ------
  279. +[ Former VIS-5D ]
  280. +
  281. +  A system for interactively visualizing and steering scientific computations.
  282. +  This system provides:
  283. +  
  284. +   * An interactive computational environment combining a flexible
  285. +     interpreted language with linkages to Fortran and C.
  286. +
  287. +   * A data model that lets users design data types appropriate
  288. +     to their applications.
  289. +
  290. +   * A novel and flexible way to visualize computations.
  291. +
  292. +  VIS-AD includes a large number of example programs and data sets
  293. +  that demonstrate its flexibility.  While it has been developed
  294. +  primarily to meet the needs of environmental scientists, its
  295. +  flexibility makes it useful to any scientists who develop
  296. +  algorithms or use computers to analyze data.
  297. +
  298. +  Version 1.1 adds support for a greater variety of map projections
  299. +  than were available under Version 1.0, and support for user-defined
  300. +  map projections (in VIS-AD these are called sample sets and are
  301. +  finite samplings of 1-D, 2-D or 3-D real spaces).
  302. +
  303. +  Version 1.1 of VIS-AD runs on Silicon Graphics workstation.
  304. +  Later versions will be ported to other vendors' workstations.
  305. +
  306. +  You can get it with:
  307.   ftp iris.ssec.wisc.edu  (or ftp 144.92.108.63), then
  308.  
  309. +  ftp> cd pub/visad
  310. +  ftp> ascii
  311. +  ftp> get README
  312. +  ftp> binary
  313. +  ftp> get visad.1.1.tar.Z
  314. +  ftp> bye
  315.  
  316.   Contact:
  317. +  Bill Hibbard (whibbard@macc.wisc.edu)
  318. +  Brian Paul (brianp@ssec.wisc.edu)
  319. +  Space Science and Engineering Center
  320. +  University of Wisconsin - Madison
  321. +  1225 W. Dayton St.
  322. +  Madison, WI  53706
  323.  
  324.  
  325. IBM DATAexplorer 
  326. ----------------
  327.  
  328.   Platforms :    IBM Risc System 6000,
  329.         IBM POWER Visualization Server (SIMD mesh 32 i860s, 40 MHz),
  330.         SGI, HP, Sun
  331.  
  332.     Contact:
  333.     Keith Sams
  334.     Data Explorer Product Marketing
  335.     E-mail: ksams@vnet.ibm.com or KSAMS AT DALVMIC1
  336.     214-280-1412
  337.  
  338.     To order, call:
  339.     1-800-IBM-CALL : Commercial customers
  340.     1-800-333-6705 : Federal customers
  341.  
  342.     Repository: Contributed modules, macros, data sets and other information
  343.     Anonymous ftp -
  344.         ftp info.tc.cornell.edu (cd /pub/vis/Data.Explorer)
  345.     Gopher -
  346.         telnet info.tc.cornell.edu (login as user info)
  347.     Mailing-list at data-exp@watson.ibm.com
  348.  
  349.     Cost: $5900 node locked license
  350.     - A free trial version is available (contact Keith Sams)
  351.     - Discounts are available as follows:
  352.     IBM Higher Education Software Consortium
  353.     Single user educational discount
  354.     GSA contract GS00K92AGS5541,  Option YR 1
  355.     Volume discounts
  356.  
  357.  
  358. Wavefront
  359. ---------
  360.   Data Visualizer, Personal Visualizer, Advanced Visualizer.
  361.   Platforms: SGI, SUN, IBM RS6000, HP
  362.   DEC is not supported anymore
  363.  
  364.   Availability:
  365.     Available on all the above platforms from Wavefront
  366.     Technologies.  Educational programs and site licenses are
  367.     available.
  368.  
  369.   Contacts:
  370.     Mike Wilson (mike@wti.com)
  371.  
  372.     Wavefront Technologies, Inc.
  373.     530 East Montecito Street
  374.     Santa Barbara, CA 93103
  375.     805-962-8117
  376.     FAX: 805-963-0410
  377.  
  378.     Wavefront Europe
  379.     Guldenspoorstraat 21-23
  380.     B-9000 Gent, Belgium
  381.     32-91-25-45-55
  382.     FAX: 32-91-23-44-56
  383.  
  384.     Wavefront Technologies Japan
  385.     17F Shinjuku-sumitomo Bldg
  386.     2-6-1  Nishi-shinjuku, Shunjuku-Ku
  387.     Tokyo 168 Japan
  388.     81-3-3342-7330
  389.     FAX 81-3-3342-7353
  390.  
  391.  
  392. PLOT3D and FAST from NASA Ames
  393. ------------------------------
  394.  
  395. Flow Analysis Software Toolkit (FAST)
  396. -------------------------------------
  397. [ Call COSMIC, NASA's software ditribution center for details ]
  398.  
  399. + You can get information from the NASA via the World Wide Web:
  400. +http://www.nas.nasa.gov/FAST/fast.html
  401.  
  402.  
  403. OVERVIEW
  404.  
  405.  
  406.     FAST is currently under development by members of the
  407.     Numerical Aerodynamics Simulation (NAS) Division at NASA Ames
  408.     Research Center, Moffett Field, CA 94035-1000.  It is a
  409.     software environment for analyzing 3D data. FAST consists of a
  410.     collection of separate programs (modules) that run
  411.     simultaneously and allow the user to examine the results of
  412.     numerical simulations by loading data files, performing
  413.     calculations on the data, visualizing the results of these
  414.     calculations, and constructing scenes of 3D graphical objects
  415.     that may be animated and recorded.
  416.  
  417.     The approach used in FAST is to create an environment of
  418.     compatable, minimally overlapping modules, each with its own
  419.     purpose and functionality, but with the ability to share its
  420.     data with the other modules. All of the modules in the FAST
  421.     environment have a consistent, easy-to-use, highly interactive
  422.     user interface (using the Panel Library developed at Ames).
  423.     FAST is flexible and extensible: the environment can be custom
  424.     configured and new modules can be developed and added to it.
  425.     Note that FAST is not a visual programming environment, it is
  426.     a multi-processed visualization and animation tool.
  427.  
  428.  
  429. EXISTING MODULES
  430.  
  431.  
  432.     The following modules are available in this version of FAST:
  433.  
  434.     HUB             Central ipc and shared memory manager starts modules.
  435.     VIEWER          Viewing process for the FAST environment.
  436.     FILE IO         Loads grid, solution, function.
  437.     ARCGRAPH        Draws ARCGraph graphics metafiles.
  438.     FILE IO         Loads grid, solution, function.
  439.     ARCGRAPH        Draws ARCGraph graphics metafiles.
  440.     CALCULATOR      CFD Calculator computes scalar and vector fields.
  441.     SURFER          Draws surfaces of a structured grid.
  442.     SURFERU         Draws surfaces of an unstructured grid.
  443.     TRACER          Computes partical traces through the structured
  444.                 or unstructured vector field.
  445.     ISOLEV          Draws xyz cutting plane and contour surfaces for a
  446.                 structured grid.
  447.     ISOLEVU         Draws xyz cutting plane and contour surfaces for a
  448.                 unstructured grid.
  449.     TOPOLOGY        Extracts critical points in vector field.
  450.     SHOTET          Draws selected tetrahedra of an unstructured grid.
  451.     PLOTTER         Plots xy graphs of scalar functions.
  452.     TITLER          Text title editor for adding titles to graphics.
  453.     AUDIO           Produces sound from scalar data.
  454.     IMAGER          Draws raster files (image format).
  455.  
  456.  
  457.  
  458. HOW TO GET FAST
  459.  
  460. GENERAL USERS
  461.  
  462.  
  463.     Contact COSMIC
  464.     phone   (706) 542-3265
  465.     fax     (706) 542-4807
  466.     email   service@cossack.cosmic.uga.edu
  467.  
  468.     COST:
  469.     User Guide......................   $72
  470.     Source code: 
  471.     For commercial customers........ $2000
  472.     For educational institutions.... $ 200
  473.     For FAST commercial Beta sites.. $ 500
  474.     For NASA sites.................. $   0 
  475.  
  476.     NASA sites: Place orders through your NASA contract monitor (for a 
  477.     contractor) or through your local Technology Utilization Office (for 
  478.     NASA employees). COSMIC does not charge for programs and documentation 
  479.     used exclusively in support of a NASA project.
  480.  
  481.     FAST and derivative products may not be distributed internationally.*
  482.  
  483.     Institutions receiving FAST at the educational price must agree not to 
  484.     distribute the program beyond their site. This restriction does not 
  485.     apply if users pay the commercial price for the code.
  486.  
  487.  
  488. NUMERICAL AERODYNAMIC SIMULATION (NAS) SYSTEM USERS
  489.  
  490.     See nasinfo or send email to fast@nas.nasa.gov
  491.  
  492. FAST USER GROUP
  493.  
  494.     To join the FAST user group and receive tips and important
  495.     announcements about FAST, send your email address to:
  496.     fast-users-request@nas.nasa.gov
  497.  
  498. SUPPORT
  499.  
  500.     Email questions, comments and suggestions to: fast@nas.nasa.gov
  501. ______________________________________________________________________________
  502. *A waiver may be granted for US institutions or US companies performing work 
  503. outside the US on a US Gov't contract.  Send written request to NASA HQTRS 
  504. (Attn: Ray Rose, Technology Transfer Control, Office of Aeronautics)
  505. from your Gov't Contract Officer Representative and from the Program Manager
  506. or the Technical Monitors of the Gov't project.
  507.  
  508.  
  509. XGRAPH
  510. ------
  511.   On the contrib tape of X11R5. Its specialty is display of up
  512.   to 64 data sets (2D).
  513.  
  514.  
  515. NCAR
  516. ----
  517.   National Center for Atmospheric Research. One of the original graphics
  518.   packages. Runs on Sun, RS6000, SGI, VAX, Cray Y-MP, DecStations, and more.
  519.  
  520.   Contact:
  521.     Graphics Information
  522.     NCAR Scientific Computing Division
  523.     P.O. Box 3000
  524.     Boulder, CO   80307-3000
  525.     (303)-497-1201
  526.     scdinfo@ncar.ucar.edu
  527.  
  528.   Cost:
  529.     .edu
  530.     $750 Unlimited users
  531.  
  532.     .gov
  533.     $750 1 user
  534.     $1500 5 users
  535.     $3000 25 users
  536.  
  537.     .com users multiply .gov * 2.0
  538.  
  539. IDL
  540. ---
  541.   An environment for scientific computing and visualization.
  542.   Based on an array oriented language, IDL includes 2D and 3D
  543.   graphics, matrix manupulation, signal and image processing,
  544.   basic statistics, gridding, mapping, and a widget based system
  545.   for building GUI for IDL applications (Open Look, Motif, or
  546.   MS-Windows).
  547.  
  548.   Environments:  DEC (VMS and Ultrix), HP, IBM RS6000, SGI, Sun,
  549.           Microsoft Windows.  (Mac version in progress)
  550.   Cost:  $1500 to $3750, Educational and quantity discounts
  551.           available.
  552.  
  553.   See also:   comp.lang.idl-pvwave (the IDL-PVWAVE bundle)
  554.  
  555.   Contact:    Research Systems Inc.
  556.               777 29th Street, Suite 302
  557.               Boulder, CO  80303
  558.               Phone:  303-786-9900
  559.               FAX:    303-786-9909
  560.               E-mail: info@rsinc.com
  561.  
  562.   Demo available via FTP.  Call or E-mail for details.
  563.  
  564. IDL/SIPS
  565. --------
  566.   "A lot of people are using IDL with a package called SIPS. This was
  567.   developed at the University of Colorado (Boulder) by some people working
  568.   for Alex Goetz.  You might try contacting them if you already have IDL
  569.   or would be willing to buy it.  It's a few thousand dollars (American) I
  570.   expect for IDL and the other should be free.  Those are the general
  571.   purpose packages I've heard of, besides what TerraMar has.
  572.   SIPS _was_ written for AVIRIS imagery.  I'm not sure how general purpose
  573.   it is.  You would have to contact Goetz or one of his people and ask.  I
  574.   have another piece of software (PCW) that does PC and Walsh
  575.   transformations with pseudocoloring and clustering and limited image
  576.   modification (you can compute an image using selected components).  I've
  577.   used it on 70 megabyte AVIRIS images without problems, but for the best
  578.   speed you need an external DSP card.  It will work without it, but large
  579.   images take quite a while (50-70 times as long) to process.  That's a
  580.   freebie if you want it"
  581.  
  582.   "My  favorite is IDL (Interactive Data Language) from Research Systems,
  583.   Inc.  IDL is in my opinion, much better and infinitely easier. Its
  584.   programming language is very strong and easy -- very Pascal-like. It
  585.   handles the number-crunching very well, also. Personally, I like doing
  586.   the number-crunching with IDL on the VAX (or Mathematica, Igor, or even
  587.   Excel on the Mac if it's not too hairy), then bringing it over to NIH
  588.   Image for the imaging part. I have yet to encounter any situation which
  589.   that combination couldn't handle, and the speed and ease of use
  590.   (compared to IRAF) was incredible. By the way, it's mostly astronomical
  591.   image processing which I've been doing. This means image enhancement,
  592.   cleaning up bad lines/pixels, and some other traditional image
  593.   processing routines. Then, for example, taking a graph of intensity
  594.   versus position along a line I choose with the mouse, then doing a curve
  595.   fit to that line (which I might do like in KaleidaGraph.) "
  596.  
  597. [ For IDL call Research Systems , for PV-WAVE call Precision Visuals and
  598.  for SIPS call University of Colorado @ Boulder . From what I can
  599.  understand, you can get packaged programs from Research Systems, though
  600.  -- nfotis ]
  601.  
  602. IDL - PV-WAVE
  603. -------------
  604.  
  605. The PV-WAVE family of products uses powerful visual and numerical analysis
  606. techniques to reduce large, complex data sets into easily interpreted visual
  607. plots and displays; for faster more effective decision making.
  608.  
  609. PV-WAVE (Workstation Analysis and Visualization Environment) is the industry
  610. leading 4GL for Visual Data Analysis (VDA).  PV-WAVE integrates powerful
  611. plotting and charting, volume visualization, signal and image processing,
  612. advanced numerical and statistical analysis, flexible data input and output,
  613. and much more, all in an efficient and integrated software system.  PV-WAVE
  614. makes it easy to find key trends and relationships in your data by allowing
  615. you to distill raw data into meaningful information quickly.
  616.  
  617. Products:       PV-WAVE Advantage - PV-WAVE Command Language with additional
  618.                 commands to access the IMSL C/Math and C/Stat libraries
  619.                 directly
  620.         PV-WAVE Command Language - the basic 4GL for VDA
  621.         PV-WAVE Point & Click - PV-WAVE functionality accessed via a
  622.                 Graphical User Interface (GUI)
  623.  
  624. Modules:    NOTE: All modules are compatible with PV-WAVE Advantage and
  625.                 PV-WAVE Command Language.
  626.         PV-WAVE:GTGRID - gridding capabilities beyond the basic products
  627.         PV-WAVE:Maple - ability to interact with a Maple (symbolic
  628.                 mathematics) session
  629.         PV-WAVE:Database Connection - read data directly from Sybase or
  630.                 Oracle databases
  631.  
  632. Environments:   Sun (SunOS and Solaris), HP700, SGI, IBM RS6000,
  633.         DEC (OpenVMS VAX, OpenVMS AXP, OSF/1 AXP and ULTRIX),
  634.         Windows NT (Intel, Mips, DEC AlphaPC), Windows v3.1
  635.  
  636. See also:       comp.lang.idl-pvwave
  637.  
  638. Contact:    Visual Numerics, Inc.
  639.         6230 Lookout Road
  640.         Boulder, CO  80301
  641.         (303) 530-9000 (phone)
  642.         (303) 530-9329 (FAX)
  643.  
  644. EnSight
  645. -------
  646.        EnSight 5 is in use world-wide by engineers requiring a
  647.     full-featured finite element postprocessing system.  EnSight
  648.     interfaces with all major commercial analysis packages.
  649.        EnSight is a distributed postprocessor: a server handles I/O
  650.     and compute intensive activities and a client handles all
  651.     user-interface interaction and graphic rendering.  The tasks
  652.     can reside on either the same workstation or two separate
  653.     systems.
  654.        CEI provides a unique licensing policy for EnSight.  Only the
  655.     server portion is licensed - customers are free to copy the
  656.     client.  The needs of multiple users can therefore be met with
  657.     a single license.
  658.  
  659.  
  660.     Platforms:  Server: SGI, HP, DEC Alpha, IBM, Sun, Cray, Convex
  661.             Client: SGI, HP, DEC Alpha, IBM, Sun
  662.  
  663.     Availability:
  664.         Server: Available now on all listed platforms
  665.         Client: Available now on SGI, HP, DEC Alpha
  666.                 Available Q2 1994 on IBM and Sun
  667.  
  668.     Contact:
  669.         Tom Palmer
  670.         Computational Engineering International, Inc.
  671.         P.O. Box 14306
  672.         Research Triangle Park, NC 27709
  673.         (919) 481-4301
  674.         (919) 481-4306 (fax)
  675.         ensight@ceintl.com -or- palmer@ceintl.com
  676.  
  677. Visual3
  678. -------
  679.   Visual3 is a visualization system that provides a programmer level
  680.   interface instead of a canned application.  Brief description and
  681.   availability is below.
  682.   Visual3 runs on Stellar, DEC stations, IBM RS/6000, HP and SGI.
  683.  
  684.   (From the manual):
  685.   VISUAL3 is an interactive graphics environment for the visualization of 
  686.   three-dimensional, structured and/or unstructured data.  This
  687.   volumetric  data may be steady or time varying.
  688.  
  689.   VISUAL3 deals with three different types of surfaces.  The first 
  690.   category is `domain' surfaces.  These are surfaces which are defined 
  691.   by the application program which initializes VISUAL3, and they 
  692.   typically correspond to the surfaces which bound the computational 
  693.   domain.  A subset of this first class, are `mapped domain' surfaces, 
  694.   for which there is a mapping from points on the surface to an 
  695.   $(x',y')$ coordinate system, which allows plotting of surface 
  696.   quantities in a 2D setting.
  697.  
  698.   The second category is `dynamic' surfaces.  These are surfaces whose 
  699.   orientation and position, relative to the computational domain, can be 
  700.   changed interactively by the user. Although there are several types of 
  701.   dynamic surface, only one dynamic surface can exist at one time.  Also,
  702.   a dynamic surface cannot be activated when a mapped domain surface is
  703.   being plotted in the 2D window.
  704.  
  705.   The third category is `static' surfaces.  These are surfaces which 
  706.   at one time were `dynamic', but then were `frozen' and transferred 
  707.   into a database, along with the domain surfaces.  These static 
  708.   surfaces are then treated in almost the same way as the unmapped 
  709.   domain surfaces.
  710.  
  711.   NOTE:
  712.   Any `static' surface in a `grid unsteady' application deforms with
  713.   the grid movement.  The surface is associated with the cells and
  714.   not physical space.  Therefore, for planar cuts, the data is
  715.   not clipped to the 2D window size when the surface was saved.
  716.  
  717.   Author: Bob Haimes              email:  haimes@orville.mit.edu
  718.           MIT 37-467              FAX:    (617) 253-0823
  719.           77 Mass Ave             Tel:    (617) 253-7518
  720.           Cambridge, Ma 02139
  721.  
  722.  
  723.  
  724. FieldView
  725. ---------
  726.  An interactive program designed to assist an engineer in
  727.  investigating fluid dynamics data sets.          
  728.  
  729.  Platforms:  SGI, IBM, HP, SUN, X-terminals
  730.  
  731.  Availability:  Currently available on all of the above
  732.        platforms.  Educational programs and volume 
  733.        discounts are available.
  734.  
  735.  Contact:
  736.  
  737.  Intelligent Light 
  738.  P.O. Box 65
  739.  Fair Lawn, NJ 07410
  740.  (201)794-7550
  741.         
  742.  Steve Kramer (kramer@ilight.com)
  743.  
  744.  
  745. SciAn
  746. ------
  747.   SciAn is primarily intended to do 3-D visualizations of data in an 
  748.   interactive environment with the ability to generate animations using
  749.   frame-accurate video recording devices.  A user manual, on-line help, and
  750.   technical notes will help you use the program.
  751.  
  752.   Cost : 0 (Free), source code provided via ftp.
  753.   Platforms : SGI 4D machines and IBM RS/6000 with the GL card + Z-buffer
  754.  
  755.   Where to find it:
  756.   ftp.scri.fsu.edu [144.174.128.34] : /pub/SciAn
  757.     A mirror is monu1.cc.monash.edu.au [130.194.1.101] : /pub/SciAn
  758.  
  759. SCRY
  760. ----
  761. [ From the README : ]
  762.  
  763.       Scry is a distributed image handling system  that  pro-
  764.  vides image transport and compression on local and wide area
  765.  networks, image viewing on workstations, recording on  video
  766.  equipment,  and  storage on disk.  The system can be distri-
  767.  buted among workstations, between supercomputers and  works-
  768.  tations,  and between supercomputers, workstations and video
  769.  animation controllers.  The system is most commonly used  to
  770.  produce  video based movie displays of images resulting from
  771.  visualization of time dependent data, complex 3D data  sets,
  772.  and  image  processing  operations.   Both  the  clients and
  773.  servers run on a variety of systems that provide UNIX-like C
  774.  run-time environments, and 4BSD sockets.
  775.  
  776.  The source is available for anonymous ftp:
  777.  
  778.  george.lbl.gov [128.3.196.93] : pub/scry.tar.Z
  779.  
  780.  Contact:
  781.  
  782.  Bill Johnston, (wejohnston@lbl.gov, ...ucbvax!csam.lbl.gov!johnston)
  783.  
  784.        or
  785.  
  786.  David Robertson (dwrobertson@lbl.gov, ...ucbvax!csam.lbl.gov!davidr)
  787.  
  788.  Imaging Technologies Group
  789.  MS 50B/2239
  790.  Lawrence Berkeley Laboratory
  791.  1 Cyclotron Road
  792.  Berkeley, CA  94720
  793.  
  794.  
  795. SVLIB / FVS
  796. -----------
  797.   SVLIB is an X-Windows widget set based on the OSF (Open Software 
  798.   Foundation) Motif widget set. SVLIB widgets are macro-widgets 
  799.   comprising lower level Motif widgets such as buttons, scrollbars, 
  800.   menus, and drawing areas. It is designed to address the reusability 
  801.   of 2D visualization routines and each widget in the library is an 
  802.   encapsulation of a specific visualization technique such as colormap 
  803.   manipulation, image display, and contour plotting. It is targetted
  804.   to run on UNIX workstations supporting OSF/Motif. Currently, only 
  805.   color monitors are supported. Since SVLIB is a collection of widgets 
  806.   developed in the same spirit as the OSF/Motif user interface widget 
  807.   set, it integrates seamlessly with the Motif widgets. Programmers 
  808.   using SVLIB widgets see the same interface and design as other 
  809.   Motif widgets.
  810.  
  811.   FVS is a visualization software for Computational Fluid Dynamics (CFD) 
  812.   simulations.  FVS is designed to accept data generated from these
  813.   simulations and apply various visualization techniques to present these
  814.   data graphically. 
  815.   FVS accepts three-dimensional multi-block data recorded in NCSA HDF format.
  816.  
  817.  iti.gov.sg [192.122.132.130] : /pub/svlib (Scientific Visualization)
  818.       /pu/fvs; These directories contain demo binaries for Sun4/SGI
  819.  
  820.   Cost : US$200 for academic and US$300 for non-academic institutions.
  821.   (For each of the above items). You're getting the source for the licence.
  822.  
  823.   Contact
  824.   -------
  825.   Miss Quek Lee Hian
  826.   Member of Technical Staff
  827.   Information Technology Institute
  828.   National Computer Board
  829.   NCB Building
  830.   71, Sicence Park Drive
  831.   Singapore 0511
  832.   Republic of Singapore
  833.   Tel : (65)7720435
  834.   Fax : (65)7795966
  835.   Email : leehian@iti.gov.sg
  836.  
  837.  
  838. ---------------------------------------------------------
  839. GVLware Distribution:
  840.         Bob  - An interactive volume renderer for the SGI
  841.         Raz  - A disk based movie player for the SGI
  842.         Icol - Motif color editor
  843. ---------------------------------------------------------
  844.  
  845. The Army High Performance Computing Research Center (AHPCRC) has been
  846. developing a set of tools to work with large time dependent 2D and 3D
  847. data sets.  In the Graphics and Visualization Lab (GVL) we are using
  848. these tools along side standard packages, such as SGI Explorer and the
  849. Utah Raster Toolkit, to render 3D volumes and create digital movies.
  850. A couple of the more general purpose programs have been bundled into a
  851. package called "GVLware".
  852.  
  853. GVLware, currently consisting of Bob, Raz and Icol, is now available
  854. via ftp.  The most interesting program is probably Bob, an interactive
  855. volume renderer for the SGI.  Raz streams raster images from disk to
  856. an SGI screen, enabling movies larger than memory to be played.  Icol
  857. is a color map editor that works with Bob and Raz.  Source and
  858. pre-built binaries for IRIX 4.0.5 are included.
  859.  
  860. To acquire GVLware, anonymous ftp to:
  861.         machine - ftp.arc.umn.edu
  862.         file    - /pub/gvl.tar.Z
  863.  
  864. To use GVLware:
  865.         mkdir gvl ; cd gvl
  866.         zcat gvl.tar.Z | tar xvf -
  867.         more README
  868.  
  869. Some Bob features:
  870.         Motif interface, SGI GL rendering
  871.         Renders 64 cubed data set in 0.1 to 1.0 seconds on a VGX
  872.         Alpha Compositing and Maximum Value rendering, in perspective
  873.             (only Maximum Value rendering on Personal Iris)
  874.         Data must be a "Brick of Bytes", on a regularly spaced grid
  875.         Animation, subvolumes, subsampling, stereo
  876.  
  877. Some Raz features:
  878.         Motif interface, SGI GL rendering
  879.         Loads files to a raw disk partition, then streams to screen
  880.             (requires an empty disk partition to be set aside)
  881.         Script interface available for movie sequences
  882.         Can stream from memory, like NCSA XImage
  883.         
  884. Some Icol features:
  885.         Motif interface
  886.         Easy to create interpolated color maps between key points
  887.         RGB, HSV and YUV color spaces, multiple file formats
  888.         Communicates changes automatically to Bob and Raz
  889.         Has been tested on SGI, Sun, DEC and Cray systems
  890.  
  891. BTW:    Bob  == Brick of Bytes
  892.         Icol == Interpolated Color
  893.         Raz  == ? (just a name)
  894.  
  895. Please send any comments to
  896.         gvlware@ahpcrc.umn.edu
  897.  
  898. This software collection is supported by the Army Research Office
  899. contract number DAALO3-89-C-0038 with the University of Minnesota Army
  900. High Performance Computing Research Center.
  901.  
  902.  
  903. IAP
  904. ---
  905.   Imaging Applications Platform is a commercial package for medical and
  906.   scientific visualization. It does volume rendering, binary surface
  907.   rendering, multiplanar reformating, image manipulation, cine sequencing,
  908.   intermixes geometry and text with images and provides measurement and
  909.   coordinate transform abilities.
  910.  
  911.   It can provide hardcopy on most medical film printers, image database
  912.   functionality and interconnection to most medical (CT/MRI/etc) scanners.
  913.  
  914.   It is client/server based and provides an object oriented interface. It
  915.   runs on most high performance workstations and takes full advantage of
  916.   parallelism where it is available. It is robust, efficient and
  917.   will be submitted for FDA approval for use in medical applications.
  918.  
  919.   Cost: $20K for OEM developer, $10K for educational developer
  920.   and run times starting at $8900 and going down based on quantity.
  921.  
  922.   The developer packages include two days training for two people in Toronto.
  923.  
  924.   Available from:
  925.  
  926.   ISG Technologies
  927.   6509 Airport Road
  928.   Mississauga, Ontario,
  929.   Canada, L4V-1S7
  930.  
  931.   (416) 672-2100
  932.   e-mail: Rod Gilchrist <rod@isgtec.com>
  933.  
  934. ========================================================================
  935.  
  936. Subject:
  937. 17. Molecular visualization stuff
  938. =================================
  939.  
  940. IMPORTANT NOTE: I'M EXPECTING TO REMOVE THIS PART AND LET ANOTHER ONE
  941. TAKE IT OVER!!!!
  942.  
  943. From: Didier Vandervecken <vdvk@netcom.com>
  944.  
  945. The FAQ is available on the Computational Chemistry List Server:
  946.  
  947. 1) by anonymous FTP
  948.         ftp infomeister.osc.edu        (or ftp 128.146.36.5)
  949.         Name: anonymous
  950.         Password: your_e-mail_address (please !)
  951.         ftp> cd pub/chemistry/documents
  952.         ftp> get README
  953.         ftp> get molecular_graphics_packages
  954.         ftp> quit
  955.  
  956. 2) by mail
  957.         send a message to  MAILSERV@osc.edu
  958.         the content of the mail would be :
  959.         select chemistry
  960.         get documents/molecular_graphics_packages
  961.         quit
  962.  
  963. 3) by gopher
  964.      (This will be available soon..., it is still undergoing testing).
  965.      The archives are located at infomeister.osc.edu on port 73.
  966.      So you can access them with a command
  967.         gopher infomeister 73
  968.      or similar (depending on your system).
  969.  
  970.  
  971. +Envision
  972. +--------
  973. +  Envision is an interactive system for the management and visualization
  974. +  of large scientific data sets.  It runs on UNIX workstations under
  975. +  X/Motif, manages data stored in netCDF and HDF files, and does
  976. +  visualization using NCSA Collage, NCSA XDataSlice, and IDL.
  977. +
  978. +  Envision is public domain software and is available by anonymous FTP.
  979. +  The primary ftp site for Envision is vista.atmos.uiuc.edu in
  980. +  pub/envision.  A secondary FTP site is csrp.tamu.edu.  Included in the
  981. +  release are binaries for IBM RS6000, HP, Sun, and SGI, as well as
  982. +  source and make files.  Complete documentation, sample data, and
  983. +  binaries to generate Envision project files for the sample data are
  984. +  provided.  If you get Envision, we request that you report any bugs
  985. +  you find to envision@vista.atmos.uiuc.edu.
  986. +
  987. +  The Envision Home Page has URL:
  988. +        http://www.atmos.uiuc.edu/envision/envision.html
  989. +
  990. +  The Envision Home Page has:
  991. +        (1) connections to text and graphics about the Envision
  992. +  project and what the software does.
  993. +        (2) links to hypermedia versions of recent Envision papers and
  994. +  a hypermedia presentation on Envision made at the American
  995. +  Meteorological Society / Interactive Information and Processing
  996. +  Systems meeting, Nashville, Jan. 1994.
  997. +        (3) links to hypermedia pages for other software packages used
  998. +  with Envision including HDF, netCDF, Collage, XDataSlice, and IDL.
  999. +        (4) a connection to the new hypertext Envision User's Guide
  1000.  
  1001.  
  1002. --------------------------------------------------------------------------
  1003.  
  1004. 17. Molecular visualization stuff
  1005. =================================
  1006.  
  1007.  
  1008. [ Based on a list from cristy@dupont.com < Cristy > , which asked for
  1009.  systems for displaying Molecular Dynamics, MD for short ]
  1010.  
  1011. Flex
  1012. ----
  1013.   It is a public domain package written by Michael Pique, at The Scripps
  1014.   Research Institute, La Jolla, CA. Flex is stored as a compressed,
  1015.   tar'ed archive (about 3.4MB) at ftp.scripps.edu [137.131.168.6], in
  1016.   pub/flex. It displays molecular models and MD trajectories.
  1017.  
  1018. MacMolecule
  1019. -----------
  1020.   (for Macintosh). I searched with Archie, and the most
  1021.   promising place is sumex-aim.stanford.edu (info-mac/app, and
  1022.   info-mac/art/qt for a demo)
  1023.  
  1024. MD-DISPLAY
  1025. ----------
  1026.   Runs on SGI machines. Call Terry Lybrand <lybrand@bioeng.washington.edu>
  1027.  
  1028. XtalView
  1029. --------
  1030.   It is a crystallography package that does visualize molecules and much more.
  1031.   It uses the XView toolkit.
  1032.   Call Duncan McRee <dem@scripps.edu>
  1033.  
  1034. landman@hal.physics.wayne.edu:
  1035. -----------------------------
  1036.   I am writing my own visualization code right now.  I look at MD output
  1037.   (a specific format, easy to alter for the subroutine) on PC's.  My
  1038.   program has hooks into GKS.  If your friend has access to Phigs for X
  1039.   (PEX) and fortran bindings, I would be happy to share my evolving code
  1040.   (free of charge).  Right now it can display supercells of up to 65
  1041.   atoms (easy to change), and up to 100 time steps, drawing nearest
  1042.   neighbor bonds between 2 defining nn radii.  It works acceptably fast
  1043.   on a 10Mhz 286.
  1044.  
  1045. icsg0001@caesar.cs.montana.edu:
  1046. ------------------------------
  1047.   I did a project on Molecular Visualization for my Master's Thesis, using
  1048.   UNIX/X11/Motif which generates a simple point and space-filling model.
  1049.  
  1050. KGNGRAF
  1051. -------
  1052.  
  1053. KGNGRAF is part of MOTECC-91. Look on malena.crs4.it (156.148.7.12),
  1054. in pub/motecc.
  1055.  
  1056. motecc.info.txt          Information about MOTECC-91 in plain ascii format.
  1057. ----------------------------------------------------------------------------
  1058. motecc.info.troff        Information about MOTECC-91 in troff format.
  1059. motecc.form.troff        MOTECC-91 order form in troff format.
  1060. motecc.license.troff     MOTECC-91 license agreement in troff format.
  1061. ----------------------------------------------------------------------------
  1062. motecc.info.ps           Information about MOTECC-91 in PostScript format.
  1063. motecc.form.ps           MOTECC-91 order form in PostScript format.
  1064. motecc.license.ps        MOTECC-91 license agreement in PostScript format.
  1065.  
  1066.  
  1067. ditolla@itnsg1.cineca.it:
  1068. ------------------------
  1069.   I'm working on molecular dynamic too.  A friend of mine and I have
  1070.   developed a program to display an MD run dynamically on Silicon
  1071.   Graphics.  We are working to improve it, but it doesn't work under X,
  1072.   we are using the graphi. lib. of the Silicon Gr. because they are much
  1073.   faster then X.  When we'll end it we'll post on the news info about
  1074.   where to get it with ftp. (Will be free software).
  1075.  
  1076. XBall V3.0
  1077. ----------
  1078.   Written by David Nedde. Call daven@ivy.wpi.edu.
  1079.   This program simulates bouncing balls in a window.  You create the
  1080.   balls in a variety of ways, and can set the gravity, elasticity,
  1081.   whether balls collide or not, etc.
  1082.   Includes Motif support, 3-d shaded balls, and a demo running facility.
  1083.   [ It's more a demo than a production program - another like it is xgas from
  1084.     the X11 distribution. Someone could make something more elaborate with
  1085.     polyatomics, etc. ]
  1086.  
  1087. XMol
  1088. ----
  1089.   An X Window System program that uses OSF/Motif  for  the
  1090.   display and  analysis  of  molecular  model data.  Data from several
  1091.   common file formats can be read and written; current formats include:
  1092.   Alchemy, CHEMLAB-II, Gaussian, MOLSIM, MOPAC, PDB, and MSCI's XYZ
  1093.   format (which has been designed  for  simplicity  in  translating to
  1094.   and from other formats). XMol also allows for conversion between
  1095.   several of these formats.
  1096.   Xmol is available at ftp.msc.edu. Read pub/xmol/README for
  1097.   further details.
  1098.   MSCI has changed its distribution policy, the current version is
  1099.   now available to users outside the USA and it no longer contains a
  1100.   built-in expiration date. However, only binary versions for Decstation,
  1101.   SGI Iris-4D, IBM RS/6000, Sun SPARCstation and Sun-3 are available.
  1102.  
  1103.  
  1104. INSIGHT II
  1105. ----------
  1106.   from BIOSYM Technologies Inc.
  1107.  
  1108. SCARECROW
  1109. ---------
  1110.   The program has been published in J. Molecular Graphics 10
  1111.   (1992) 33. The program can analyze and display CHARMM, DISCOVER, YASP
  1112.   and MUMOD trajectories. The program package contains also software for
  1113.   the generation of probe surfaces, proton affinity
  1114.   surfaces and molecular orbitals from an extended Huckel program.
  1115.   It works on Silicon Graphics machines.
  1116.   Contact Leif Laaksonen <Leif.Laaksonen@csc.fi or laaksone@csc.fi>
  1117.  
  1118. MULTI
  1119. -----
  1120.   ns.niehs.nih.gov [157.98.8.8] : /pub - MULTI 3.0 (Multi-Process
  1121.   Molecular Modeling Suite). Runs on Silicon Graphics Workstations only.
  1122.  
  1123. MindTool
  1124. --------
  1125.   It runs under SunView, and requires a fortran compiler and Sun's CGI
  1126.   libraries. MindTool is a tool  provided  for  the  interactive  graphic
  1127.   manipulation  of  molecules  and  atoms. Currently, up to 10,000
  1128.   atoms may be input.
  1129.   Available via anonymous FTP, at rani.chem.yale.edu, directory
  1130.   /pub/MindTool ( Check with Archie for other  sites if that's too far )
  1131.  
  1132. RasMol/RasWin
  1133. -------------
  1134.     The source code is public domain and freely distributable provided that
  1135.   the original author is suitably acknowledged. It's written and maintained by
  1136.   Roger Sayle, at The Biocomputing Research Unit, University of Edinburgh,
  1137.   UK (rasmol@dcs.ed.ac.uk, or rasmol@ggr.co.uk).
  1138.  
  1139.   RasMol is the version for UNIX workstations under the X Window System and
  1140.   RasWin is the version for MS Windows version 3.1.
  1141.  
  1142.     RasMol reads in molecular co-ordinate files in a number of formats and
  1143.   interactively displays the molecule on the screen in a variety of colour
  1144.   schemes and representations. Currently supported input file formats include
  1145.   Brookhaven Protein Databank (PDB), Tripos' Alchemy and Sybyl Mol2 formats,
  1146.   Molecular Design Limited's (MDL) Mol file format, Minnesota Supercomputer
  1147.   Center's (MSC) XMol XYZ format and CHARMm format files. If connectivity
  1148.   information and/or secondary structure information is not contained in the
  1149.   file this is calculated automatically.
  1150.  
  1151.     The loaded molecule may be shown as wireframe, cylinder (drieding) stick
  1152.   bonds, alpha-carbon trace, spacefilling (CPK) spheres, macromolecular ribbons
  1153.   (either smooth shaded solid ribbons or parallel strands), hydrogen bonding
  1154.   and dot surface. Different parts of the molecule may be displayed and coloured
  1155.   independently of the rest of the molecule or shown in different
  1156.   representations simultaneously. The spacefilling spheres can even be
  1157.   shadowed. The displayed molecule may be rotated, translated, zoomed,
  1158.   z-clipped (slabbed) interactively using either the mouse, the scroll bars,
  1159.   the command line or an attached dials box. 
  1160.  
  1161.     RasMol can read a prepared list of commands from a `script' file (or via 
  1162.   interprocess communication) to allow a given image or viewpoint to be 
  1163.   restored quickly. RasMol can also be used to create script files containing
  1164.   the commands required to regenerate the current image. Finally the rendered 
  1165.   image may be written out in a variety of formats including both raster and 
  1166.   vector PostScript, GIF, PPM, BMP, Sun rasterfile or as a MolScript input 
  1167.   script.
  1168.  
  1169.     RasMol will run on a wide range of architectures and systems including 
  1170.   sun3, sun4, sun386i, SGI, DEC, HP and E&S workstations, IBM RS/6000, Cray,
  1171.   Sequent, DEC Alpha (OSF/1, OpenVMS and Windows NT), VAX VMS (under DEC 
  1172.   Windows), IBM RS/6000, HP and IBM PC (under Microsoft Windows, Windows NT,
  1173.   OS/2, Linux, BSD386 and *BSD). Support for an Apple Machintosh version is
  1174.   planned for October '94. UNIX and VMS versions require an 8bit, 24bit or
  1175.   32bit X Windows frame buffer (X11R4 or later). The X Windows version of
  1176.   RasMol provides optional support for a hardware dials box and accelerated
  1177.   shared memory rendering (via the XInput and MIT-SHM extensions) if available.
  1178.  
  1179.     The complete source code and user documentation may be obtained by
  1180.   anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk [129.215.160.5] in the directory
  1181.   /pub/rasmol. The source code, documentation and Microsoft Windows
  1182.   executables are stored in several files appropriate for the receiving
  1183.   operating system. Please read the "README" file in the distribution
  1184.   directory. UNIX and VAX systems should retreive either RasMol2.tar.Z,
  1185.   RasMol2.tar.gz or rasmol2.zip. Microsoft Windows users should retrieve
  1186.   RasWin.zip and optionally the Visual Basic package RasMenu.zip both
  1187.   of which contain executable .EXE files. All these files include source 
  1188.   code, on-line help, user manual and reference card. Please remember to use 
  1189.   "binary" mode when transferring these files between systems. Check that the 
  1190.   file size is the same before and after transfer.
  1191.  
  1192.  
  1193. MolViewer
  1194. ---------
  1195. From: Steve Ludtke <steve@ion.rice.edu>
  1196.  
  1197.   It is a molecule viewing App for machines running NeXTStep. It
  1198.   permits interactive rotation and manipulation (bond lengths, angles, and
  1199.   dihedrals) of molecules of arbitrary size (depends on your memory).
  1200.   Some special features are included for protein analysis. Proteins can be
  1201.   generated from scratch if the program is given an amino acid sequence and
  1202.   secondary structure. A variety of animations are supported. Animations and
  1203.   printing are generated by NeXT's Photorealistic Renderman daemon. File
  1204.   formats supported (to varying degrees) include: PDB, Alchemy, HIN
  1205.   (hyperchem), and MolViewer's own file format. It is freeware. Full source
  1206.   and binaries can be obtained from ion.rice.edu, sonata.cc.purdue.edu and
  1207.   several other popular NeXT sites. The current version is 0.91.
  1208.  
  1209.  
  1210. [ I saw it on comp.sys.amiga.applications - added some formatting.
  1211.   For the people who wonder - Aminet is an FTP sites organization that
  1212.   keeps huge amounts of stuff for the Commodore Amiga ]
  1213.  
  1214. From: bss104@bangor.ac.uk ( Chris Graham)
  1215. =========================
  1216.  
  1217. Molec 3D
  1218. --------
  1219.  
  1220.  This is a non-commerical package.  It models both frame work structures
  1221.  (which can be rotated and transformed) and also ball and stick models.  The
  1222.  ball and stick pictures are generated from snapshots of the framework model.
  1223.  Each ball and stick snapshot takes only about 10-15secs to render even on my
  1224.  trusty 1 meg a500.  To construct a model, you need to write a data file which
  1225.  contains the xyz coordinates of each atom.  The package is very user friendly
  1226.  and the manual is adequate.  Oh yes, also has a built in facility for reading
  1227.  your data files back to you. 
  1228.  
  1229.  Available for ftp from your local aminet site - Fish disk 482
  1230.  
  1231. MoG
  1232. ---
  1233.  
  1234.  This is a commerical package.  It's available from SciTech Software in the
  1235.  U.K.  The full address and price, along with a more detailed description of
  1236.  the package are in a comp.sys.reviews.amiga article written by Augustus
  1237.  Fountain III (he also provides a iff file of morphine which was created on
  1238.  MoG).  There is also a demo version floating about as well. I found a copy
  1239.  in the hensa micros gopher server, lancs, U.K.  This is a crippled version
  1240.  which I was unable to get to do anything other thud up.  More iff files of
  1241.  dna and others are included.
  1242.  
  1243. Chemesthetics
  1244. -------------
  1245.  
  1246.  Again non-commerical.  And again you can find this on Aminet on fish disk
  1247.  777 (Chemesthetics.lha).  This a rather nice package as well as you build
  1248.  carlotte projections (is that spelt right?). Works on the same principle 
  1249.  as Molec3D but needs the ionic radius of each atom as well.  Unlike the
  1250.  Molec3D package you can actually enter data in the actual package rather than
  1251.  having to resort to a text editor.  It does however have one drawback the
  1252.  rendering times are fairly long on my amiga at least - about 3 hours for
  1253.  250 atoms.  Which I suppose isn't too bad all things considered.
  1254.  
  1255. cpk
  1256. ---
  1257.  
  1258.  Bit of a misnomer this one. Only runs on an aga amigas, so I haven't had a
  1259.  chance to try it out.  Judging by the descriptions in the readme file and
  1260.  emails I've received this sounds excellent.  Arexx support. Again you can get
  1261.  this from Aminet (what we do without internet file servers eh - probably buy
  1262.  a CD-ROM I suppose).
  1263.  
  1264.  
  1265. -----
  1266.  
  1267. [ I would also suggest looking at least in SGI's Applications Directory.
  1268.  It contains many more packages - nfotis ]
  1269.  
  1270. ===========================================================================
  1271.  
  1272. End of Part 5 of the Resource Listing
  1273. -- 
  1274. Nick (Nikolaos) Fotis         National Technical Univ. of Athens, Greece
  1275. HOME: 16 Esperidon St.,       InterNet : nfotis@theseas.ntua.gr
  1276.       Halandri, GR - 152 32   UUCP:    pythia!theseas!nfotis
  1277.       Athens, GREECE          FAX: (+30 1) 77 84 578
  1278.